TL:DR

Use o path '/opt'!

Motivação

Você não quer depender dos repositórios da sua distro ou eles não possuem o programa, ou última versão, que você deseja instalar ou ainda você quer compilar e configurar seu próprio aplicativo.

Entendendo

Ambos diretórios foram pensados para instalação de programas que não pertencem ao sistema operacional, visto que os apps do sistema ficam em /bin. Entretanto eles não foram planejados para os mesmos tipos de softwares, enquanto o primeiro /usr/local foi concebido para conter compilações feitas pelo administrador(in house software), padrão FreeBSD, o segundo path é intencionado para pacotes que não fazem parte do SO e de origem de terceiros.

Saiba Mais

Quer entender as entranhas desse tema? Se ligue nos recursos abaixo:

https://en.wikipedia.org/wiki/UNIX_System_V
https://en.wikipedia.org/wiki/Filesystem_Hierarchy_Standard
https://unix.stackexchange.com/questions/11544/what-is-the-difference-between-opt-and-usr-local

https://www.freebsd.org/cgi/man.cgi?query=hier&sektion=7&manpath=freebsd-release-ports